Profissional desde 1992, Alex Alves estreou aos 18 anos na equipe principal do Vitória. Mais tarde foi contratado pelo Palmeiras, clube pelo qual seria campeão brasileiro em 1994. Outros clubes que defendeu foram o Juventude, a Portuguesa, Cruzeiro e Vasco.
Foi no clube de Belo Horizonte que o atacante se destacou ao participar das conquistas da Taça Libertadores (1997), da Supertaça Sul-Americana (1998) e do Campeonato Mineiro (1998), marcando, no total, 27 gols em 41 jogos.
Ida para a Alemanha
Seu desempenho no Cruzeiro despertou o interesse do Hertha Berlim, clube que representou entre 2000 e 2003, na sua primeira experiência fora do Brasil. Em 2000 ele foi distinguido com o gol do ano da Bundesliga após marcar numa vitória de 4 a 2 sobre o Colônia. Ele fez o gol do meio do campo, após o Hertha reiniciar a partida depois de levar um gol. Pelo Herta, Alex Alves fez 25 gols em 81 jogos.